Sekretariat mempunyai tugas perumusan konsep/rencana dan pelaksanaan kebijakan, pengkoordinasian, pemantauan, evaluasi, pelaporan meliputi keuangan, hukum, kehumasan, keorganisasian dan ketatalaksanaan, pembinaan ketatausahaan, kearsipan, kerumahtanggaan, aset, kepegawaian dan pelayanan administrasi di lingkungan Dinas Pengelolaan Sumber Daya Air dan Penataan Ruang.

Bidang Irigasi dan Air Baku mempunyai tugas perumusan konsep dan pelaksanaan kebijakan, pengkoordinasian, pemantauan, evaluasi serta pelaporan di bidang pembangunan, peningkatan irigasi dan air baku, eksploitasi, operasi dan pemeliharaan irigasi dan air baku.

Bidang Konservasi dan Rehabilitasi Sumber Daya Air mempunyai tugas perumusan konsep dan pelaksanaan kebijakan, pengkoordinasian, pemantauan, evaluasi serta pelaporan dalam melaksanakan konservasi daerah tangkapan air dan daerah aliran sungai, konservasi bangunan sumber daya air, penanggulangan daya rusak air, rehabilitasi dan pemeliharaan infrastruktur sumber daya air.

Bidang Penataan Ruang mempunyai tugas perumusan konsep dan pelaksanaan kebijakan, pengkoordinasian, pemantauan, evaluasi serta pelaporan dalam bidang perencanaan tata ruang, pemanfaatan ruang dan pengendalian pemanfaatan ruang.